El Consejo de Gobierno ha declarado como Zona Especial de Conservación (ZEC) 83.000 hectáreas ubicadas en el suroeste de la región. Con esta decisión se da luz verde al Plan de Gestión del Espacio Protegido Red Natura 2000 de las Cuencas y Encinares de los ríos Alberche y Cofio, con el que se protege un territorio equivalente al 10% de la región.
Con la nueva denominación, la Comunidad cumple con las exigencias de las Directivas europeas de Aves y Hábitats, transpuestas en la Ley estatal 42/2007 de Patrimonio Natural y de la Biodiversidad, garantiza la conservación de los valores naturales de esta zona y, de forma paralela, promueve la dinamización de la economía de los 19 municipios afectados.
El Plan de Gestión distingue tres zonas que pasan a catalogarse como Zona de Conservación Prioritaria (27.300 ha); de Protección y Mantenimiento de Usos Tradicionales (47.300 ha) y de Uso General (7.700 ha). Los municipios incluidos íntegramente en este Plan de Gestión son Aldea del Fresno, Cenicientos, Colmenar del Arroyo, Chapinería, Fresnedillas de la Oliva, Navalagamella, Navas del Rey, Pelayos de la Presa, Sevilla La Nueva, Valdequemada, Villamantilla, y Villanueva de Perales.
Los términos municipales que se encuentran afectados parcialmente son Cadalso de los Vidrios (81%), Quijorna (37%), Robledo de Chavela (81%), Rozas de Puerto Real (82%), San Martín de Valdeiglesias (87%), Valdemorillo (19%) y Villa del Prado (95%).
Este Plan ordena el territorio madrileño que limita al oeste con la provincia de Ávila y al sur con la de Toledo, englobando el tramo medio del río Alberche e incluyendo seis embalses, entre los que destacan el de San Juan y Picadas, y el río Cofio en casi todo su recorrido. Las Cuencas y Encinares de ambos ríos son enclaves faunísticos de relevancia, en los que se detecta la presencia, entre otras especies, de águila imperial ibérica, cigüeña negra y el buitre negro y conviven una amplia representación de rapaces como el milano negro, el buitre leonado, el cernícalo vulgar, la lechuza y el búho real.
En cuanto a la flora, propia del clima mediterráneo, hay presencia de 23 comunidades vegetales, entre las que destacan los pinares, que ocupan el 20% de la masa forestal de la zona, e importantes extensiones de pinos piñoneros, enebrales o encinares.
