Sebastián de Belalcázar tuvo ocasión de conocer a Diego de Almagro y a Francisco Pizarro, y se unió a ellos para conquistar el Perú; por las noticias que se tenían sobre las riquezas que albergaba el territorio de los incas, tal empresa de conquista era la más prometedora de las que siguieron al descubrimiento de América. En apenas dos años (1531-1533), el Imperio Inca cayó en manos de Pizarro, que tuvo en Belalcázar a uno de sus hombres de confianza.
Sebastián de Belalcázar fue enviado a Piura con el cargo de teniente gobernador; luego organizó por su cuenta la expedición de Quito, ciudad que había sido destruida por el general Inca Rumiñahui, y allí tuvo que hacer frente a la resistencia india. Logró sus propósitos en 1533 y quedó con plenos poderes en Quito, ciudad que cambió su emplazamiento y fue llamada San Francisco, en honor de Pizarro.
En 1539 se encontró con Gonzalo Jiménez de Quesada en las proximidades de Bogotá e hicieron su entrada juntos en Santa Fe; poco después embarcaron para legitimar sus derechos en España. En 1541 regresó con el título de Adelantado y Gobernador de Popayán y de un extenso territorio que comprendía parte de Colombia y Ecuador.
